Bischof Bertram bleibt in der Ökumene weiter engagiert. Nachdem er bereits bei der Frühjahrsvollversammlung der deutschen Bischöfe 2020 in die Kommissionen Ökumene und Weltkirche gewählt worden war, entsandte ihn nun der Ständige Rat der Deutschen Bischofskonferenz, zu dem die deutschen Diözesanbischöfe regelmäßig zusammenkommen, bei seiner Sitzung in Berlin als Bischöflichen Delegierten in die Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen (ACK) in Deutschland. Der Vorsitzende der Deutschen Bischofskonferenz, Bischof Georg Bätzing, empfahl Bischof Bertram als „sachkundigen und erfahrenen Ökumeniker.“
Bischof Bertram ist die Einrichtung der ACK bestens vertraut: Von 2002 bis 2011 leitete er die ACK Augsburg, seit 2005 vertritt er die sieben bayerischen Bistümer im Vorstand der ACK Bayern, seit 2013 (bis 2021) ist er Vorsitzender ACK Bayern.
Die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) in Deutschland repräsentiert etwa 50 Millionen Christinnen und Christen in Deutschland, ihr gehören 17 Kirchen an, weitere acht Kirchen sind ACK-Gastmitglieder, fünf ökumenische Organisationen haben Beobachterstatus. Schwerpunkte der Arbeit der 1948 gegründeten ACK sind die theologische Reflexion, das Engagement für Gerechtigkeit, Frieden und die Bewahrung der Schöpfung sowie das gemeinsame Gebet und der Kontakt zu anderen ökumenischen Organisationen. Die ACK gestaltet dazu unter anderem die jährlichen zentralen Gottesdienste zur Gebetswoche für die Einheit der Christen oder zur Ökumenischen FriedensDekade, sie richtet jährlich den ökumenischen Tag der Schöpfung am ersten Freitag im September aus, aber auch die Vergabe des Ökumene-preises liegt in den Händen der ACK.